Gdyńska Trójka jest położona w obniżeniu postglacjalnym między wzniesieniami moreny dennej Kępy Redłowskiej i Kamiennej Góry w Gdyni. Od Zatoki Gdańskiej szkołę dzieli zaledwie 400 metrów, natomiast lasy Rezerwatu Redłowskiego oddalone są tylko o 300 metrów.
Administracyjnie szkoła leży w dzielnicy Gdynia-Śródmieście. Teren szkoły wyznaczają ulice Legionów, Piłsudskiego, Tetmajera i Partyzantów.
Najbliższym przystankiem Szybkiej Kolei Miejskiej Trójmiasta jest stacja Wzgórze Św. Maksymiliana w Gdyni.